Laboratoř chemické analýzy (LChA) byla vytvořena jako vědecko-servisní pracoviště pro speciální instrumentální analýzy a vývoj nových analytických metod. V laboratoři je využívána hmotnostní spektrometrie a příbuzné techniky pro objasňování struktury, charakterizaci a identifikaci širokého spektra přírodních látek. Díky spojení se separačními metodami lze charakterizovat i velmi komplexní směsi analytů.

Pro spolehlivější řešení analytických problémů jsou kombinovány výsledky získané různými analytickými technikami. Cílem je především stanovování hladin významných biomarkerů, stejně jako vývoj nových metod pro diagnostické, forenzní, a toxikologické analýzy.

Výzkum je zaměřen jak na základní procesy uplatňující se při separaci látek a v hmotnostní spektrometrii, tak na vývoj instrumentace. Vedle vlastního výzkumu, slouží laboratoř chemické analýzy jako podpora výzkumných aktivit v celé organizaci NUDZ. Analytické služby jsou poskytovány ostatním subjektům na bázi vědecké spolupráce či jako servisní měření.